Ohmann svým způsobem výuky překročil tehdejší konzervativní program soustředěný na „návrhy pro dekorativní části staveb“, z jeho školy tak vyšli pozdější úspěšní architekti, jako byli Alois Dryák nebo Bedřich Bendelmayer. V roce 1898 byl vybrán za Ohmannova nástupce mladý Jan Kotěra. Jeho přínos pro školu i pro celou moderní architekturu byl zásadní. Kotěra se odklonil ve výuce od dekorativních návrhů doplňků staveb a studenty vedl k „samostatnému myšlení a individuálnímu tvoření“.
Z jeho školy architektury na UPŠ se záhy stala nejprogresivnější škola v Čechách vůbec, o čemž svědčí i řada žáků – osobností budoucí české architektonické scény: mezi nimi zejména Otakar Novotný, Jan Zázvorka či Josef Gočár. Za Kotěrova působení získala škola mezinárodní uznání díky pavilonům na výstavách v Paříži (1900), v St. Louis (1904) a na domácí půdě se představila moderním pavilonem na Jubilejní výstavě Obchodní a živnostenské komory (1908). Po Kotěrovi se v roce 1910 místa na škole ujal další Wagnerův žák z vídeňské Akademie výtvarných umění – Josip Plečnik. V Plečnikově škole se za jeho desetileté pedagogické působení vystřídali mnozí představitelé budoucí meziválečné avantgardy – František Gahura, Ludvík Hilgert, Karel Řepa nebo Plečnikův nástupce na pozici hradního architekta Otto Rothmayer. Po roce 1918 se pedagogem školy architektury stal Pavel Janák, v roce 1928 byl otevřen druhý ateliér architektury, který vedl Otakar Novotný. Oba zde působili až do druhé světové války a během 20. a 30. let přispěli nejen k úspěšným prezentacím školy na světové výstavě v Paříži (1925) nebo Soudobé bytové kultury v Brně (1928), ale také k výchově mladé generace architektů, mezi něž patřili Richard Podzemný, Antonín Tenzer nebo Václav Hilský. Škola UPŠ nebyla oficiální vysokou školou a jako taková zůstala otevřená i během druhé světové války. Pedagogický sbor v té době obohatil mimo jiné Jan E. Koula, Pavel Smetana a Jan Sokol, který po Pavlu Janákovi převzal ateliér architektury v roce 1941. V roce 1945 se vedení druhého ateliéru ujímá Adolf Benš. Po druhé světové válce se UPŠ stává Vysokou školou umělecko-průmyslovou v Praze, od roku 1949 rozdělenou do čtyř kateder. Vedoucím katedry architektury je jmenován Adolf Benš, dále na katedře působí Pavel Smetana, Jan Sokol a Otto Rothmayer, později též Josef Grus. Během 50. let dochází kvůli politické situaci k mnoha personálním změnám; Adolf Benš však zůstává vedoucím ateliéru i za časů projektování ve stylu sorely, až do konce 60. let zde pak působí Pavel Smetana, za jehož dlouhé pedagogické dráhy školou prošli například Vladimír Palla, Jaroslav Vaculík, František Rozhon, Jiří Lasovský, Josef Svoboda, Otakar Binar či Jan Kaplický. Během 70. a 80. let vedli ateliéry architektury architekt a vynikající scénograf Josef Svoboda a Zdeněk Kuna, zkušený architekt a dlouholetý ředitel Krajského projektového ústavu. Oba patřili k osobnostem, které udržovaly prestiž výuky architektury na VŠUP i v době normalizace. Vedle nich v té době vyučoval navrhování nábytku Ladislav Vrátník. Školu v tomto období absolvovali mimo jiné Michal Brix či pozdější pedagogové VŠUP Jiří Pelcl, Petr Keil a Jindřich Smetana. Po roce 1989 byli k výuce architektury přizváni architekti mladší a střední generace – Jan Fišer, Martin Rajniš s Jakubem Ciglerem, Jiří Střítecký a Petr Keil. V druhé půli 90. let působila jako vedoucí jednoho z ateliérů Eva Jiřičná, v letech 2009-11 pak studio RAUMLABOR.
